普通運賃やPEX航空券などは航空会社でも、旅行会社でも値段は同じです。しかし、同じ航空券、同じ有効期限でも格安航空券は各旅行会社によって値段が異なります。
格安航空券の値段は、航空会社からの卸値＋旅行会社の利益ですので、旅行会社が自社の利益をどれ位にするかによって値段が異なります。ツアー会社ではツアー全体で利益を得たいので、航空券からの利益幅は出来るだけ少なくても、宿泊料金などから利益が出ればよいと考えている店があるかもしれません。それゆえツアーは安いのです。ツアー料金が往復格安航空券運賃よりも安い！なんて場合はこのパターンかもしれません。チケットショップの場合、航空券からの利益で商売しているので、人件費などを考えるとあまり値下げすることはできません。ネット専売のチケットショップでは、格安航空券を大量に仕入れて大量にさばくので、チケット一枚当りの利益は少なくても問題ありません。